Мультфильм «Гадкий я 2» является продолжением истории о Грегоре «Грю» Финстоуне, бывшем суперзлодее, который после событий первой части решил посвятить свою жизнь воспитанию трёх сирот — Марго, Эдит и Рассела. Однако его спокойная жизнь рушится, когда он получает письмо от своего биологического отца, который сообщает о существовании тайной организации суперзлодеев под названием «Агентство по борьбе со злом».
Грю решает отправиться в Европу, чтобы встретиться с отцом и узнать больше о «Агентстве». Вместе с детьми он прибывает в Париж, где его отец, Дрю, предлагает ему присоединиться к организации и использовать свои навыки для защиты мира от настоящих злодеев.
Однако вскоре Грю понимает, что «Агентство» на самом деле является прикрытием для группы суперзлодеев, которые используют свои способности для достижения личных целей. Грю отказывается присоединяться к ним и пытается вернуться домой, но оказывается втянутым в череду опасных событий.
В это время его дети сталкиваются с проблемами в школе, где их принимают за избалованных детей суперзлодея. Они решают доказать, что это не так, и начинают помогать людям, используя свои суперспособности.
Грю также пытается защитить своих детей от опасности, но вскоре оказывается в ловушке вместе с ними. Однако благодаря своей смекалке и помощи друзей, он находит способ выбраться из ловушки и вернуться домой.
В финале мультфильма Грю осознаёт, что семья для него важнее всего, и решает продолжать свою жизнь как обычный человек, воспитывая детей и помогая людям.